Nhân lực y tế, đặc biệt là y tế cơ sở còn thiếu, nhưng từ năm 2018 đến nay chưa thực hiện được việc tuyển dụng. Việc ứng dụng CNTT trong quản lý y tế ở các đơn vị chưa đồng bộ. Công tác tự chủ bệnh viện còn nhiều khó khăn do tần suất sử dụng dịch vụ thấp, nguồn thu BHYT vẫn là chủ yếu, nguồn thu trực tiếp từ bệnh nhân không đáng kể. Một số bệnh viện có diện tích chật hẹp chưa đảm bảo theo các tiêu chí mà Bộ Y tế và Bộ Xây dựng quy định, song lại gặp khó khăn trong mở rộng trụ sở do các khu dân cư xung quanh đã ổn định nhiều năm, việc đầu tư xây mới trụ sở tại vị trí khác gần như là bất khả thi. 

Bên cạnh đó, các đơn vị y tế cũng đang loay hoay trong việc thực hiện những cơ chế, chính sách y tế mới điều chỉnh bởi chưa có văn bản hướng dẫn cụ thể.

Hà My