Sự hợp tác, liên kết giữa các HTX, giữa HTX với doanh nghiệp, với các cơ quan nghiên cứu khoa học chưa nhiều và hiệu quả.

Năng lực sản xuất, kinh doanh của một bộ phận hợp tác xã còn yếu, quy mô nhỏ. Trình độ quản lý, năng lực kinh doanh của cán bộ hợp tác xã còn hạn chế. Sức cạnh tranh thấp. Sự hợp tác, liên kết giữa các HTX, giữa HTX với doanh nghiệp, với các cơ quan nghiên cứu khoa học chưa nhiều và hiệu quả.

Nguyên nhân của thực trạng này là do công tác quản lý nhà nước đối với HTX tại địa phương chưa được quan tâm đúng mức. Sự phối hợp giữa các sở, ngành, huyện, thành phố trong việc hỗ trợ kinh tế HTX còn bất cập, chưa kịp thời. Một số HTX thiếu biện pháp và quyết tâm nâng cao năng lực nội tại của mình để giải quyết khó khăn, chưa sẵn sàng trước những thách thức của cơ chế thị trường và quá trình hội nhập kinh tế quốc tế. Vẫn còn nhiều HTX có tâm lý trông chờ vào sự hỗ trợ của nhà nước.