Hệ thống khám chữa bệnh y học cổ truyển từ tuyến tỉnh đến tuyến xã những năm qua đang được củng cố, hoàn thiện và mở rộng về quy mô. Tuy nhiên, công tác này vẫn còn nhiều bất cập như: tần suất dịch vụ kỹ thuật tăng cao hơn bình thường; chỉ định rộng rãi, kéo dài thời gian điều trị không hợp lý, chỉ định điều trị nội trú cao, kê thêm nhiều giường bệnh.

Bên cạnh đó, công tác cung ứng đấu thầu dược liệu, vị thuốc còn sử dụng chưa đúng giấy chứng nhận nguồn gốc xuất xứ; tài liệu chứng minh nguồn gốc xuất xứ của các dược liệu nuôi trồng trong nước chưa rõ ràng; đa số dược liệu, vị thuốc chưa được cấp số đăng ký… Để tháo gỡ những vướng mắc, các cơ sở y học cổ truyền đang đề nghị Bộ Y tế nghiên cứu xây dựng cơ chế và chính sách về thanh toán BHYT cho những bệnh nhân ngoại trú trái tuyến ở các bệnh viện YHCT; có cơ chế thanh toán bằng nguồn ngân sách BHYT trong việc sử dụng thuốc nam khi KCB tại các tuyến, nhất là tuyến y tế cơ sở; khuyến khích đưa các dược liệu đặc thù trồng tại địa phương vào Danh mục thanh toán BHYT trong các cơ sở KCB.