Việt Nam có nguồn dược liệu phong phú, nhiều bài thuốc hay, nhưng vẫn chưa phát huy được trong khám chữa bệnh. Người dân khi có bệnh đều nghĩ đến khám chữa bệnh tây y, trong khi nhiều bệnh, thuốc đông y chữa được. Tỉ lệ khám chữa bệnh kết hợp giữa đông y và tây y còn khiêm tốn. Nguồn dược liệu còn bị khai thác bừa bãi.

Hiện chưa có cơ quan làm đầu mối để thống nhất quản lý chuỗi dược liệu. Việc ứng dụng khoa học công nghệ vào y dược cổ truyền còn chậm, chưa đáp ứng nhu cầu phát triển của y dược cổ truyền. Công tác truyền thông chưa phù hợp cũng góp phần tạo nên việc nhiều người dân, kể cả đội ngũ cán bộ y tế, hiểu chưa đúng bản chất của y dược cổ truyền trong chăm sóc sức khỏe nhân dân.