Y tế cơ sở là tuyến y tế gần dân nhất. Hiện nhiều trạm y tế xã bước đầu đã triển khai có hiệu quả việc quản lý, điều trị một số bệnh mãn tính không lây nhiễm. Tuy nhiên, người dân vẫn chưa tin tưởng vào y tế xã. Nguyên nhân của thực trạng này là chất lượng khám chữa bệnh ở tuyến cơ sở chưa cao, thiếu cán bộ y tế, hạ tầng, trang thiết bị chưa đáp ứng. Cũng phải kể đến việc nhiều trạm y tế xã, dù được đầu tư cơ sở vật chất bằng các nguồn vốn hỗ trợ nhưng thiếu nhân lực nên máy móc đắt tiền vẫn nằm “đắp chiếu” vì không ai biết cách sử dụng. Đó là sự lãng phí rất lớn cả về vốn đầu tư và về cung cấp dịch vụ y tế.

Mặt khác, quỹ BHYT cho trạm y tế tuyến xã chưa bảo đảm, danh mục thuốc ít, danh mục kỹ thuật ít nên người bệnh thường vượt tuyến khám chữa bệnh.