Mạng lưới y tế trường học được củng cố và hoạt động ngày càng rõ nét. Tỷ lệ học sinh ở các trường tiểu học và THCS được khám sức khỏe định kỳ 1 lần/năm đạt 98%. Đã có trên 30% số trường học có phòng chăm sóc sức khỏe riêng biệt. 100% số trường có tủ thuốc phục vụ công tác sơ cấp cứu. Hoạt động truyền thông giáo dục sức khỏe cho học sinh được duy trì đều ở các trường với hình thức phong phú, đa dạng.

Tuy nhiên, bên cạnh hiệu quả thiết thực, công tác y tế trường học hiện vẫn còn những khó khăn cần khắc phục. Cán bộ y tế trường học tại các trường đa số còn kiêm nhiệm, chuyên môn về y tế rất hạn chế. Công tác y tế trường học mới được tập trung mạnh ở khối tiểu học và THCS, các cấp học khác còn hạn chế. Việc định kỳ đánh giá các yếu tố về vệ sinh trường học, phòng học như nhiệt độ, độ ẩm, tiếng ồn, độ chiếu sáng, còn chưa được các trường quan tâm đầy đủ.