Về việc khám chữa bệnh BHYT, cơ quan Bảo hiểm xã hội luôn đặt Ban Bảo vệ chăm sóc sức khỏe cán bộ tỉnh ở tình trạng vượt trần vượt quỹ BHYT. Nhưng trong thực tế, tổng số thẻ BHYT khám tại Ban rất ít, chủ yếu lại là cán bộ hưu trí tuổi cao, mắc bệnh mãn tính, yêu cầu chuyển tuyến trên nhiều, đòi hỏi cao cả về cận lâm sàng, xét nghiệm và thuốc.

 Hiện bình quân chi của Ban ở mức trên 300.000 đồng/ 1 lần khám, điều trị/ 1 bệnh nhân. Nếu duy trì mức chi này đối với BHYT vẫn cho là vượt trần vượt quỹ cao, nhưng đối với bệnh nhân thì vẫn chưa bảo đảm tốt được chất lượng khám và điều trị.

Bên cạnh đó, Ban còn gặp phải những khó khăn khác như thiếu lãnh đạo, cơ sở vật chất đã cũ, thiếu thuốc, hóa chất, vật tư y tế. Những khó khăn, bất cập này đã tác động trực tiếp đến hoạt động của ban.