Theo thông tư, mỗi Trung tâm kiểm soát bệnh tật tuyến tỉnh sẽ gồm 12 khoa phòng chuyên môn, có chức năng triển khai thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về phòng chống dịch bệnh truyền nhiễm, bệnh không lây nhiễm; phòng chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng đến sức khỏe; quản lý sức khỏe cộng đồng; khám, phát hiện, điều trị dự phòng và các dịch vụ y tế khác có liên quan.

Việc thành lập CDC tuyến tỉnh là bước đi cần thiết nhằm tinh giản bộ máy nhân sự cồng kềnh, giúp người dân được theo dõi sức khỏe bởi một đơn vị thống nhất. Trong quá trình thành lập trung tâm, Bộ Y tế đề nghị các địa phương chỉ giảm những người không làm công tác chuyên môn, không được tinh giản đội ngũ bác sĩ. Tại Thái Bình, Trung tâm kiểm soát bệnh tật tuyến tỉnh theo kế hoạch sẽ được thành lập trên cơ sở sáp nhập Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm phòng chống HIV/AIDS và Trung tâm chăm sóc sức khỏe sinh sản.