Nghị định này quy định về kê khai, thu, nộp phí, lệ phí; quản lý, sử dụng phí; quyết toán phí, lệ phí; trách nhiệm của cơ quan nhà nước, tổ chức trong việc thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí.
Về việc kê khai, thu, nộp phí, lệ phí, Nghị định quy định người nộp phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí theo tháng, quý, năm hoặc theo từng lần phát sinh. Căn cứ tính chất, đặc điểm của từng khoản phí, lệ phí, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật phí và lệ phí quy định cụ thể kỳ kê khai, nộp phí, lệ phí cho phù hợp.
Tổ chức thu lệ phí thực hiện nộp toàn bộ tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước. Tổ chức thu lệ phí thực hiện kê khai, nộp lệ phí theo tháng, quyết toán lệ phí năm theo quy định của pháp luật quản lý thuế.
Định kỳ hàng ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí thu được vào Tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước. Căn cứ số tiền phí thu được nhiều hay ít, nơi thu phí xa hay gần Kho bạc Nhà nước, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật phí và lệ phí quy định định kỳ ngày; tuần hoặc tháng tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào Tài khoản phí chờ nộp ngân sách.
Tổ chức thu phí thực hiện kê khai tiền phí thu được theo tháng, quyết toán năm theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và nộp tiền phí phải nộp vào ngân sách nhà nước, sau khi trừ số tiền phí được để lại.
Tổ chức thu phí sử dụng đường bộ, Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, thu, nộp theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện lập và cấp chứng từ thu phí, lệ phí theo hướng dẫn của Bộ Tài chính. 
Quy định đồng tiền thu nộp phí, lệ phí 
Nghị định quy định rõ phí, lệ phí thu tại Việt Nam bằng đồng Việt Nam, trừ trường hợp pháp luật quy định được thu phí, lệ phí bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi. Trường hợp quy định thu bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi thì được thu bằng ngoại tệ hoặc thu bằng đồng Việt Nam trên cơ sở quy đổi từ ngoại tệ ra đồng Việt Nam theo tỷ giá.
Cụ thể, trường hợp nộp phí, lệ phí tại ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác thì áp dụng tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp phí, lệ phí mở tài khoản tại thời điểm nộp phí, lệ phí. Trường hợp nộp phí, lệ phí trực tiếp tại Kho bạc Nhà nước thì áp dụng tỷ giá hạch toán ngoại tệ tại thời điểm nộp phí, lệ phí do Bộ Tài chính công bố. Còn trường hợp nộp phí, lệ phí trực tiếp bằng tiền mặt hoặc theo hình thức khác cho tổ chức thu phí, lệ phí thì áp dụng tỷ giá ngoại tệ mua vào theo hình thức chuyển khoản của Hội sở chính Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm nộp phí, lệ phí hoặc cuối ngày làm việc liền trước ngày lễ, ngày nghỉ.
Phí, lệ phí thu ở nước ngoài được thu bằng tiền của nước sở tại hoặc bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi.