Khi mưa lớn kéo dài nhiều ngày sẽ  làm ảnh hưởng lớn đến sinh trưởng và phát triển của các đối tượng nuôi thủy sản nước mặn, lợ. Các yếu tố môi trường ao nuôi (độ mặn, pH) thay đổi làm tôm cá dễ bị sốc tạo điều kiện cho dịch bệnh phát sinh, để hạn chế tới mức thấp nhất mọi rủi ro có thể xẩy ra, người nuôi cần thực hiện đồng bộ một số biện pháp kỹ thuật sau

1. Đối với khu vực nuôi tôm, cá nước mặn lợ

Khi mưa lớn kéo dài nhiều ngày, nước ao nuôi dễ bị phân tầng trên ngọt dưới mặn, xẩy ra tình trạng thiếu ôxy tầng đáy, cần sử dụng quạt nước, sục khí hoặc máy bơm, bơm đảo nước trong ao để chống sự phân tầng của nước, chủ động tháo nước tầng mặt để giảm bớt lượng nước mưa có trong ao. Khi nước ao nuôi bị đục, pH giảm cần hòa vôi bột té đều trên khắp mặt ao và bờ ao để ổn định pH nước ao nuôi và làm giảm độ đục của ao, liều lượng vôi bón phụ thuộc vào pH của nước ao.  

Trong quá trình mưa lớn kéo dài các chất thải từ trên bờ chảy xuống ao cộng thêm các hợp chất hữu cơ do phân và thức ăn thừa của tôm cá sẽ tồn đọng  tích tụ dưới đáy ao. Khi mưa dứt, nắng bật lên các chất hữu cơ phân hủy nhanh tạo ra các khí độc như H2S, NH3 trong ao làm tôm cá dễ bị ngộ độc, người nuôi cần sử dụng ZEOLAITE, để giải phóng khí độc trong ao nuôi với liều lượng từ 15 - 20 kg/1000m³  hoặc sử dụng theo hướng dẫn của nhà sản xuất.

Trong thời gian xử lý hóa chất phải bật máy quạt nước, sục khí để tăng cường ôxy hòa tan trong nước. Cần chủ động có sẵn OXYTAZEN dạng hạt hoặc dạng nước để đề phòng tình trạng thiếu ôxy cục bộ xẩy ra.

Tranh thủ những giờ tạnh mưa cho tôm ăn thức ăn công nghiệp có chất lượng tốt, lượng thức ăn trong những ngày trời mưa nên giảm từ 20 -  25% so với lượng thức ăn hàng ngày. Theo dõi chặt chẽ các yếu tố môi trường ao nuôi và kịp thời bổ sung các khoáng chất để ổn định môi trường, tránh hiện tượng tôm mềm vỏ, đồng thời bổ sung men tiêu hóa, VitaminC vào thức ăn để tăng sức  đề kháng phòng bệnh gan, phân trắng cho tôm.

Đối với các ao nuôi cá biển thường sử dụng thức ăn tươi sống, trong những ngày mưa nên hạn chế thức ăn tươi sống. Chủ động phòng chống hiện tượng úng lụt, vệ sinh khu vực cho cá ăn, phối trộn thuốc phòng bệnh Tiên đắc với lượng 0,25gam/kg cá để phòng mội số loại bệnh thường gặp.

Dùng thuốc Vikato rải trực tiếp xuống ao với lượng từ 400-500g/1000m³ để tiêu độc khử trùng và phòng bệnh ngoại ký sinh trùng cho ao nuôi cá.

2. Đối với khu vực nuôi ngao ngoài bãi triều

Cần đề phòng hiện tượng ngọt hóa của môi trường nuôi ngao do lượng nước mưa tích tụ và lượng nước mưa tiêu úng từ nội đồng đổ ra vì vậy với những bãi ngao đạt kích cỡ thương phẩm nên tiến hành thu hoạch ngay để tránh thiệt hại do mưa lũ gây ra.

Chủ động theo dõi, kiểm tra các diễn biến của ngao, thực hiện tốt việc khai thông các vùng nước đọng, tránh hiện tượng ứ đọng nước ngọt cục bộ kéo dài làm chết ngao nuôi.

Bên cạnh đó trong những tháng 7,8,9 thường có mưa bão xẩy ra, người nuôi nên chủ động về  mùa vụ thả giống, kích cỡ giống thả và mật độ nuôi cho phù hợp theo khuyến cáo của các cơ quan chức năng để có thể thu hoạch trước mùa mưa, bão.