Qua kết quả thực hiện mô hình ở 46 xã, 8 huyện, thành phố áp dụng công nghệ vi sinh trên nền đệm lót có một số ưu điểm sau:
1. Đây là giải pháp kỹ thuật cho hiệu quả cao trong xử lý môi trường chăn nuôi (đặc biệt chăn nuôi trong khu dân cư): giảm thiểu ô nhiễm, giảm mùi hôi thối rõ rệt, giảm ruồi muỗi...
2. Mô hình dễ áp dụng, phù hợp với thực trạng chăn nuôi của nhiều địa phương trong tỉnh.
3. Thích hợp nhất với nuôi lợn nái, lợn con theo mẹ, lợn choai và trong chăn nuôi gia cầm (đặc biệt chăn nuôi gà). Đồng thời công nghệ rất phù hợp với giai đoạn mùa Đông do nền đệm lót sinh nhiệt nên chuồng nuôi rất ấm, gia súc gia cầm tăng trọng nhanh, chi phí sản xuất thấp hơn so với nuôi nền cứng; gia súc, gia cầm sinh trưởng phát triển tốt, không có rủi ro do dịch bệnh.
4. Mô hình cho hiệu quả về kinh tế khá: tiết kiệm chi phí điện, nước vệ sinh, công lao động; giảm chi phí thuốc thú y chữa bệnh và thức ăn.
5. Chất thải từ nền đệm lót sinh học là nguồn phân vi sinh có chất lượng rất cao cung cấp cho trồng trọt.

Tuy nhiên, qua thực hiện công nghệ cũng bộc lộ một số hạn chế:
1. Những ngày nắng nóng, đàn lợn, gia cầm nằm trên nền đệm lót thở gấp, giảm ăn (đặc biệt lợn to và gia cầm trưởng thành). Lợn nuôi thịt giai đoạn lợn từ 60 kg trở lên do lượng chất thải nhiều, lợn cày đảo ít nền đệm lót bết nên tốn công đảo nền đệm lót để VSV phân hủy chất thải chăn nuôi được thuận lợi.
2. Mùa nóng phải có các biện pháp chống nóng cho phù hợp nên việc cải tạo chuồng nuôi của các hộ tham gia mô hình gặp rất nhiều khó khăn.
3. Những vùng trũng, có nhiều ao hồ việc cải tạo chuồng trại làm nền đệm lót rất khó nếu đào nền chuồng sâu xuống 60 cm thì vào mùa mưa nền đệm lót dễ bị hỏng.
4. Nguồn mùn cưa trên thị trường Thái Bình hạn chế nên khi triển khai rộng rãi việc chuẩn bị mùn cưa làm đệm lót gặp rất nhiều khó khăn.
5. Khi áp dụng công nghệ sinh học chủ hộ phái cải tạo chuồng nuôi (kinh phí sửa chữa chuồng khá lớn), tạo tâm lý ngại thay đổi. Điều kiện diện tích đất ở của nông hộ Thái Bình hẹp, nếu nuôi trên nền đệm lót với mật độ thưa hơn so với nuôi nền cứng (không tân dụng được diện tích chuồng nuôi) nên người dân chưa hào hứng với việc nhân rộng mô hình.
Để khắc phục một số hạn chế trên, Trung tâm đã tiến hành khảo nghiệm một số biện pháp kỹ thuật như: Giảm tỷ lệ mùn cưa, tăng tỷ lệ trấu; Thay thế một phần mùn cưa bằng thân cây ngô; Mô hình 100% trấu... những biện pháp kỹ thuật trên đã khắc phục được những khó khăn cho người chăn nuôi khi áp dụng công nghệ vi sinh trên nền đệm lót.
Từ những đánh giá trên, để mô hình đệm lót sinh học xử lý môi trường chăn nuôi nông hộ được áp dụng rộng rãi Trung tâm có một số kiến nghị đề xuất sau: Các cấp các ngành chức năng cần quan tâm, chỉ đạo, tuyên truyền sâu rộng và có cơ chế chính sách để hỗ trợ người chăn nuôi ứng dụng nhanh tiến bộ chăn nuôi trên nền đệm lót sinh học vào chăn nuôi lợn, gà. Trong quá trình triển khai thực hiện mô hình yêu cầu về xây dựng chuồng trại, diện tích nền đệm lót, mật độ vật nuôi và chăm sóc nền đệm lót người nông dân phải tuân thủ chặt chẽ yêu cầu kỹ thuật vì đây là điều kiện đảm bảo chăn nuôi trên nền đệm lót đạt hiệu quả cao.

KS. Nguyễn Văn Đình