Viêm não Nhật Bản thường khó phát hiện sớm do các triệu chứng ban đầu rất giống với những viêm nhiễm khác. Tuy nhiên, đến ngày thứ hai hay thứ ba của bệnh thì triệu chứng biểu hiện rõ dần như: sốt cao đột ngột, buồn nôn, nôn khan, đau đầu, phản ứng lờ đờ, chậm chạp. Viêm não Nhật Bản diễn tiến rất nhanh, có thể sau 3 ngày, thậm chí 1 ngày, bệnh nhân đã có biểu hiện co giật, rơi vào hôn mê, phải thở máy, có thể chỉ 1-2 ngày là trẻ tử vong.

Ngoài ra, còn có một điều đáng sợ đối với bệnh nhân mắc viêm não Nhật Bản là những di chứng thần kinh về sau. Những di chứng này khiến người bệnh giảm khả năng giao tiếp, giảm hoặc mất khả năng lao động, trở thành gánh nặng cho gia đình và xã hội.

 Hiện tiêm chủng là biện pháp tốt nhất để phòng viêm não Nhật Bản. Vaccine viêm não Nhật Bản đã có trong chương trình tiêm chủng Quốc gia, do đó các bậc phụ huynh nên lưu ý cho trẻ thực hiện các mũi tiêm này.