Đến nay, cả nước đã có trên 12.600 cơ sở y tế triển khai kết nối liên thông dữ liệu khám chữa bệnh. Việc áp dụng công nghệ thông tin (CNTT) vào khám chữa bệnh (KCB) có thuận lợi là bác sỹ nắm được tất cả bệnh nhân đến khám, cảnh báo việc bệnh nhân tự ý chuyển đến các phòng khám, các BV khác nhau. Tuy nhiên, quá trình thực hiện còn tồn tại một số khó khăn, hạ tầng chung của ngành y tế còn nhiều yếu kém, chưa có trung tâm dữ liệu y tế quốc gia, chưa có hệ thống đường truyền kết nối ngành y tế. Phần mềm quản lý bệnh viện phần lớn chưa đáp ứng được yêu cầu kết xuất trên các biểu mẫu thanh quyết toán của BHYT.

Thứ trưởng Bộ Y tế Phạm Lê Tuấn yêu cầu ngành y tế trong năm 2017 tập trung triển khai hệ thống CNTT phục vụ khám chữa bệnh BHYT trên toàn quốc. Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra phòng chống hành vi gian lận, trục lợi quỹ BHYT. Với các cơ sở khám chữa bệnh BHYT, nếu có khó khăn vướng mắc trong quá trình áp dụng CNTT, cần gửi báo cáo, đề xuất lên Sở Y tế, Bộ Y tế để được hỗ trợ giải quyết kịp thời.