Năm 2016, công tác phối hợp kiểm tra giám sát giữa UBKT Đảng uỷ Quân sự Tỉnh với Uỷ ban Kiểm tra các huyện, Thành uỷ đã bám sát nhiệm vụ chính trị, yêu cầu công tác xây dựng Đảng và nhiệm vụ quân sự, quốc phòng địa phương. Chương trình phối hợp thực hiện nghiêm túc, đảm bảo nguyên tắc, quy trình và thống nhất cao. Đã phối hợp chỉ đạo Đảng uỷ Quân sự các huyện, Thành phố kiểm tra giám sát 18 lượt chi bộ Đảng, 177 lượt đảng viên. Nội dung kiểm tra giám sát tập trung vào thực hiện Nghị quyết đại hội Đảng bộ cơ sở, thực hiện Nghị quyết Trung ương 4 khoá 11 về công tác xây dựng Đảng, công tác quản lý giáo dục đảng viên, chấp hành chế độ sinh hoạt Đảng, học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh.

Qua công tác kiểm tra, giám sát đã đánh giá đúng thực trạng, kết quả hoàn thành nhiệm vụ của từng đơn vị, nhất là công tác quân sự, quốc phòng địa phương ở cơ sở, làm chuyển biến căn bản về nhận thức và trách nhiệm của cấp uỷ chính quyền các cấp trong công tác lãnh đạo chỉ đạo. Đồng thời, củng cố mối quan hệ công tác, bồi dưỡng nghiệp vụ chuyên môn cho cán bộ kiểm tra, góp phần xây dựng tổ chức  Đảng trong sạch vững mạnh, giữ vững ổn định an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội ở địa phương.