Ngoài thị trường xuất khẩu chính là Trung Quốc, Thái Lan, Indonesia, EU, quả thanh long cũng đang thâm nhập vào các thị trường khó tính như Nhật, Hoa Kỳ, New Zealand, Australia.

Ở góc độ tiêu dùng, thanh long được đánh giá cao và được coi là siêu thực phẩm tại nhiều nước vì có nhiều đặc tính tốt cho sức khỏe. Tuy nhiên, từ cuối tháng 6/2018 đến nay, theo thông tin từ Thương vụ Việt Nam tại Bỉ và EU, Tổng vụ sức khỏe và an toàn thực phẩm thuộc Ủy ban châu Âu (EC) đang lấy ý kiến của các nước thành viên về việc ban hành Quy định kiểm tra tăng cường đối với một số loại nông sản nhập khẩu vào EU, trong đó có quả thanh long Việt Nam.

Hiện các lô hàng thanh long của Việt Nam xuất khẩu vào EU chịu sự kiểm tra 10% lô hàng. Khi hàng cập cảng EU sẽ tiếp tục tái kiểm tra 10% tổng lô hàng, phát sinh thêm một lần chi phí và ảnh hưởng đến thời gian thông quan. Tỷ lệ hàng bị từ chối cũng có khả năng tăng cao vì các nước EU có thiết bị kiểm nghiệm hiện đại.

Thêm vào đó, tỷ lệ dư lượng thuốc trừ sâu trong trái thanh long lúc xếp hàng và lúc dỡ hàng cũng có thể khác biệt sau thời gian vận chuyển khoảng 4 - 5 tuần nếu đi đường biển.