Theo Kiểm toán Nhà nước, Bộ Y tế cũng như hầu hết các địa phương chưa xây dựng được kế hoạch trung hạn và dài hạn về đầu tư mua sắm trang thiết bị y tế làm căn cứ xác định nhu cầu mua sắm trang thiết bị hàng năm. Bộ chưa xây dựng được bộ dữ liệu giá trúng thầu của các mặt hàng hóa chất, vật tư tiêu hao trong cả nước, để cung cấp cho các cơ sở y tế căn cứ xây dựng giá kế hoạch.

Điều này dẫn đến việc phê duyệt giá kế hoạch giữa các bệnh viện hầu hết là khác nhau cho một loại vật tư, hóa chất của cùng một nhà cung cấp và có sự chênh lệch rất lớn giữa giá được phê duyệt cao nhất và thấp nhất. Kiểm toán Nhà nước đưa ra ví dụ, 1 chiếc kim cánh bướm ở bệnh viện này có đơn giá là 1.090 đồng, trong khi đó tại bệnh viện khác đã có giá là 7.350 đồng, chênh lệch tới 6 lần.