Thay vì nhận lương từ ngân sách, sau khi các bệnh viện được giao quyền tự chủ, bác sĩ sẽ nhận lương từ người bệnh và BHYT. Thực hiện tự chủ tài chính, các cơ sở y tế phải triển khai nhiều giải pháp thực sự hướng tới sự hài lòng của người bệnh, chuyển từ tư duy “phục vụ” sang “cung ứng dịch vụ”. Bên cạnh đó, việc tự chủ tài chính tại các bệnh viện còn thúc đẩy xã hội hóa, vay vốn, thực hiện liên doanh, liên kết đầu tư trang thiết bị, tăng số lượng và chất lượng dịch vụ. 

Tuy nhiên, vẫn còn nhiều khó khăn tồn tại khi triển khai mô hình này. Nếu thực hiện không tốt sẽ dẫn đến tình trạng bệnh nhân dồn hết về tuyến cuối, làm trầm trọng thêm tình trạng quá tải. Cùng với đó, khi tự chủ tài chính cần kiểm soát giá dịch vụ, thực hiện kế toán, kiểm toán bảo đảm minh bạch tài chính và cần có giám sát hiệu quả để tránh lạm dụng, trục lợi.