Các phần mềm công nghệ thông tin được ứng dụng trong thanh toán viện phí, quản lý thuốc, hóa chất, vật tư y tế tiêu hao. Một số bệnh viện còn ứng dụng trong chỉ định kết quả cận lâm sàng. Hầu hết các bệnh viện đã mã hóa xong danh mục dùng chung, bước đầu chuyển dữ liệu thông tin khám chữa bệnh BHYT thành công trên cổng tiếp nhận dữ liệu hệ thống thông tin giám định thanh toán BHYT.

Việc ứng dụng công nghệ thông tin giúp ngành Y tế tăng cường quản lý cán bộ, công khai minh bạch trong quản lý tài chính và sử dụng thuốc, hóa chất, vật tư y tế. Xét theo Bộ tiêu chí đánh giá chất lượng bệnh viện, tiêu chí về ứng dụng công nghệ thông tin  trong quản lý và hoạt động chuyên môn tại Thái Bình đạt điểm trung bình là 2,83/5 điểm, ở mức trung bình khá. Cao nhất là bệnh viện Phụ sản với 4/5 điểm.