Hiện vẫn tồn tại một bộ phận người dân nhận thức chưa đầy đủ về chính sách BHYT nói chung và BHYT đối với học sinh sinh viên nói riêng. Bên cạnh đó, một số cơ sở giáo dục thiếu quan tâm thích đáng đến BHYT, công tác y tế trường học, nên việc rà soát, đối chiếu số học sinh sinh viên chưa tham gia BHYT cũng như vận động các em và phụ huynh còn hạn chế.

Cùng với đó, bản thân cơ quan BHXH ở một số nơi còn chưa thật sự sâu sát trong quá trình triển khai thực hiện BHYT học sinh sinh viên, chưa tham mưu kịp thời cho cấp ủy, chính quyền địa phương trong chỉ đạo thực hiện công tác này. Các cơ quan chức năng cũng chưa phối hợp chặt chẽ với ngành giáo dục trong rà soát, đối chiếu số học sinh sinh viên đã tham gia và chưa tham gia BHYT để xây dựng kế hoạch tuyên truyền vận động, đồng thời đề xuất giải pháp để phát triển BHYT trong học sinh sinh viên.