Kiểm toán Nhà nước phát hiện việc phê duyệt giá kế hoạch giữa các bệnh viện hầu hết là khác nhau cho một loại vật tư, hóa chất của cùng một nhà cung cấp và có sự chênh lệch rất lớn giữa giá được phê duyệt cao nhất và thấp nhất. Điều này cho thấy công tác quản lý về giá của ngành y tế còn bất cập. Bộ Y tế chưa có cơ sở dữ liệu giá vật tư, hóa chất, cho nên khi phê duyệt hoàn toàn dựa vào “cấp dưới đưa lên bao nhiêu phê duyệt bấy nhiêu”. Bên cạnh đó, việc sử dụng đúng mục đích của thiết bị y tế cũng chưa được kiểm tra chặt chẽ. Có thiết bị Bộ Y tế đưa xuống thì địa phương không cần hoặc không sử dụng được. Có nơi được đầu tư thiết bị nhưng lại không được đầu tư cơ sở hạ tầng lắp đặt, hoặc có thiết bị nhưng không có người vận hành, thậm chí thiếu kinh phí duy tu, bảo dưỡng nên đành để thiết bị trong tình trạng đắp chiếu không sử dụng.