Theo đó, số lượng thuốc kháng HIV cấp phát được căn cứ vào số lượng người nhiễm HIV có thẻ bảo hiểm y tế hiện đang điều trị tại các cơ sở y tế và đã được cơ quan bảo hiểm xã hội giám định. Các cơ sở y tế địa phương có trách nhiệm thống kê nhu cầu thuốc kháng HIV cần cho việc điều trị, đồng thời phải lập dự toán ngân sách phần chi phí cùng chi trả thuốc kháng HIV của người bệnh tham gia điều trị.

Việc thanh toán chi phí cùng chi trả thuốc kháng HIV ban đầu sẽ do nguồn Ngân sách địa phương hoặc Quỹ khám chữa bệnh cho người nghèo, Quỹ hỗ trợ người nhiễm HIV của địa phương thực hiện. Bảo hiểm Xã hội Việt Nam tạm ứng 80% kinh phí từng quý cho đơn vị ký hợp đồng cung ứng thuốc kháng HIV. Cơ quan chuyên trách phòng chống HIV/AIDS cấp tỉnh chịu trách nhiệm điều chỉnh về số lượng thuốc kháng HIV của các cơ sở trên địa bàn.